Der Fluch der schwarzen Fee trennt Emma von ihrer Familie. Sie und Henry verbleiben in Storybrook, während der Rest im Zauberwald landet.
In Storybrooke ist Emma in der Psychiartrie und die schwarze Fee, nun Bürgermeisterin von Storybrooke, will ihr und Henry einreden, dass alle Handlungen mit den Märchenfiguren, die in den vorigen Staffeln passiert sind, Hirngespinste von Emma und Henry sind. Henry ist aber "wach", er weiß also alles noch, nur Emma kämpft dagegen an, weil man ihr einredet, sie wäre psychisch krank.
Weil Emma den Glauben verliert, fangen die ganzen Märchen-Welten an, zu zerfallen. Hook und Charming suchen eine der Portal-Bohnen und fallen dann beide von der Bohnenranke. Snow findet Charming später leblos und kann ihn mit einem Kuss aufwecken... Das ist die erste große Paralelle zu Staffel 1 gewesen.
Auf jeden Fall geht es dann in Storybrooke noch ein wenig hin und her, aber schließlich schafft Henry es, Emma dazu zu bewegen, wieder an die Geschichten zu glauben, was die Bewohner im Zauberwald gerade so auf den letzten Drücker vor der Zerstörung rettet.
Derweil ist auch Mr. Gold "wach" und kann letztendlich die schwarze Fee überlisten und sie vernichten. Sie hat aber vorher dafür gesorgt, dass Gideon, also Rumpels Sohn, Emma tötet. Mr. Gold findet Gideons Herz und wird von seiner bösen Seite, die sich als Rumpelstilzchen manifestiert, dazu verleitet, einfach nichts zu tun und Gideon Emma töten zu lassen, weil dann alle seine Träume wahr werden würden. Er versucht dann, es zu verhindern, aber es funktioniert nicht. Derweil opfert sich Emma für ihre Familie. Sie kann aber mit dem Kuss der wahren Liebe von Henry aufgeweckt werden (zweite große Parallele zur 1. Staffel). Im Märchenbuch steht am Ende, dass die finale Schlacht gewonnen ist, weil das Gute und das Böse sich dazu entschlossen haben, das richtige zu tun.
Dann kommen noch ein Haufen "alles ist gut" Szenen mit den Darstellern am Ende. Snow und Charming in einem neuen Haus mit Baby Neal; Hook wird zum Sheriff ernannt und ist glücklich mit Emma; die Zwerge machen für Regina ne neue Tür zu ihrem Büro, auf der "Queen" steht; Rumpel und Belle tanzen wieder zur Melodie "Beauty and the Beast" und zum Schluss sind alle der Hauptdarsteller an einem Tisch zusammen beim Essen bei Granny's.
Zwischendrin gibts noch zwei Szenen mit einem jungen Mädchen. Die erste, wie ihr Vater sie wegschickt, ein Märchenbuch zu retten und der Vater stellt sich dann einem Angreifer. Danach sieht man sie auf der Suche nach ihrem Vater, und Tiger Lily ermutigt sie und sagt, sie werde ihren Vater finden. Schließlich sieht man, wie das Mädchen in ihrem Märchenbuch, das anders aussieht als Henrys, die letzte Szene, als alle Hauptdarsteller zusammen am Tisch sind, anschaut (als Illustration). Sie geht zu einem Apartment und der Mann, der in der vorherigen Szene ihr Vater war, öffnet, aber erkennt sie nicht. Dann stellt sich heraus, dass dieser Mann der erwachsene Henry ist aber keine Erinnerungen an seine Tochter Lucy hat (vermutlich auch nicht an alles andere). Sie sagt dann, er müsse sich erinnern, weil die Familie in Gefahr ist (3. große Paralelle zur 1. Staffel). Das wars.