Vom Wortsinn her ist un- eigentlich eine Verneinung:
nicht eben = uneben
nicht gerade = ungerade
nicht zu glauben = unglaublich
Interessanterweise werden auf diese Weise meist positive Dinge verneint, weshalb Worte mit un- meist etwas negatives ausdrücken: unschön, ungut, unheimlich (eigentlich: unheimelig), unnütz, unwohl. Eine entsprechende Umkehrung der negativen Gegenstücke (un-häßlich, un-schlecht, un-nutzlos) gibt es nicht. Was dann zur Folge hat, dass mit un- meist etwas negatives ausgedrückt wird.
Unkraut muss man aber in dem Sinn nicht verstehen als schlechtes Kraut, sondern eben "Nichtkraut", oder zumindest nicht die Art von Kraut, das man in dem betreffenden Beet ernten möchte.